Mokyklos istorijos pradžia. Po ilgos kovos 1922 m. balandžio 20 d. įsteigta pirmoji lietuvių gimnazija Klaipėdoje.
1922 m. balandžio 20 d. Mažosios Lietuvos evangelikų liuteronų labdaros, kultūros ir švietimo draugijos „Sandora“ salėje įvyko ilgai lauktas lietuvių gimnazijos atidarymas.
1923 m. sausio 15 d. Klaipėdos kraštas tapo de facto Lietuvos Respublikos dalimi. Lietuviškai mokyklai suteikiamas valstybinės gimnazijos statusas. Direktorija įsipareigoja finansuoti gimnazijos veiklą. Direktoriumi paskiriamas Martynas Krukis. Mokykloje veikia 2 klasės, mokosi 54 mokiniai.
1924 m. gimnazijos direktoriaus pareigas iš Martyno Krukio perėmė (dirbti pradėjo 1925 m. iki 1929 m.) žinomas rašytojas Pranas Mašiotas (1863-1940), apie 150 knygų autorius: iš jų 8 vadovėliai (matematikos, fizikos, rašybos), 30 knygų – grožinė literatūra vaikams.
1929 m. gimnazijoje jau mokėsi 186 gimnazistai.
1930 m., minint Lietuvos Didžiojo kunigaikščio Vytauto 500-ąsias mirties metines, sausio 16 d. Klaipėdos lietuvių gimnazijai buvo suteiktas Vytauto Didžiojo vardas.
1933 m. rudenį po ilgų pastangų, parengus projektą ir radus statybos firmą, buvo padėtas naujųjų gimnazijos rūmų kertinis akmuo. Projekto autoriai – architektas A. Diksdorfas ir inžinierius H. Reismanas.
1934 m. rugsėjo 10 d., įvyko dabartinių gimnazijos rūmų, tačiau pagal projektą dėl lėšų stokos neužbaigtų, atidarymas.
1936 m. Jakų dvare buvo pastatytos Klaipėdos radijo stoties antenos, Mažosios Lietuvos gyventojai išgirdo lietuviškai kalbančių pranešėjų balsus. Dr. V. Gaigalaičio vadovaujama Klaipėdos krašto mokyklų draugija steigė lietuviškas mokyklas, ieškojo patalpų, parūpindavo inventorių.
1938 m. gimnazijoje dirbo daugiau kaip dvidešimt pedagogų, mokėsi apie 500 Klaipėdos krašto bei Didžiosios Lietuvos jaunuolių ir merginų.
1939 m. kovo 22 d. gimnazijos veikla nutrūko. Naujoji valdžia mokyklos vadovybei nurodė per kelias dienas iš Klaipėdos išsikraustyti. Iš pradžių norėta iškelti į netolimą Kretingą, tačiau pasipriešinus čia buvusiems ir didelę įtaką turėjusiems vienuoliams pranciškonams, kraustytis nurodyta į Šventąją. Ten kita bėda – nebuvo tinkamų mokymui patalpų, tad galiausiai apsistota Palangoje. Rudenį atgavus Vilniaus kraštą, direktorius K. Trukanas išsikėlė į Vilnių, arčiau savo gimtųjų namų, tad gimnazijai toliau vadovavo Martynas Emilis Nauburas. Vokietijos valdžia Vytauto Didžiojo gimnazijos rūmuose įsteigė kareivines, o vėliau ir ligoninę sužeistiems karinio laivyno jūreiviams.
1946 m. nuniokotą Vytauto Didžiojo gimnaziją ėmė atstatinėti direktorius dr. K. Trukanas, kuris pasiryžo, kad rugsėjo pirmąją čia suskambėtų vaikų balsai. Radęs pagalbininkų, tarp kurių buvo ir F. Paulauskas, iki rugsėjo pirmosios pataisė apgriautą stogą, įstiklino langus (deja, šito padaryti nebuvo įmanoma, todėl daugelį langų teko užkalti lentgaliais ar fanera), įrengė kelias klases. Pokario metais (1946 m.) Vytauto Didžiojo gimnazija buvo pervardyta į Klaipėdos 1-ąją gimnaziją. Pirmajame pastato aukšte įsikūrė pradinė mokykla, o antrajame ir trečiajame – gimnazija. Pradinis mokslas tęsėsi ketverius, vidurinis – aštuonerius metus. Pirmaisiais metais po karo mokykla dirbo ypatingai sunkiomis sąlygomis. Mokytoja Z. Rubaževičienė pasakoja: „Centrinis šildymas neveikė, todėl klasėse buvo pastatytos geležinės krosnelės, o jų kaminai išvesti pro langus. Jas kūrendavo patys mokiniai, atėję rytą į mokyklą. Nebuvo elektros, mokiniai atsinešdavo žvakes ir dirbdavo prie jų šviesos. Trūko sąsiuvinių, knygų. Apie kabinetus ką ir bekalbėti. Tačiau mokykloje gyvenimas virte virė…”
1946 m. mokytoja K. Virvičiūtė-Safonovienė organizuoja pirmąjį mieste liaudies šokių ratelį. 1946 m. spalio 4 d. fizinio lavinimo mokytojo J. Urvakio iniciatyva buvo suorganizuotas steigiamasis sporto kolektyvo susirinkimas, kuriame išrinkta mokyklos sporto kolektyvo taryba, išaugus sporto mėgėjų skaičiui. Tuo metu sporto kolektyvą „Briedį” sudarė 87 nariai. Susikūrusi sporto kolektyvo taryba ėmėsi organizuoti mokykloje pirmąsias spartakiadas. Varžybų programą sudarė šios sporto šakos: krepšinis, lengvoji atletika, tinklinis, slidinėjimas, kvadratas.
1947 m. įkurtas styginių instrumentų orkestras.
1951 m. po kapitalinio sporto salės remonto, jau pradedamos kultivuoti ir tokios sporto šakos, kaip fechtavimas, šaudymas, gimnastika, stalo tenisas, šachmatai, o vėliau ir plaukimas.
1952 m. mokyklos saviveiklos kolektyvai pripažinti geriausiais mieste.
1953 m. respublikinėje moksleivių spartakiadoje mokyklos krepšininkai, atstovaudami Klaipėdos miesto moksleivių rinktinei, iškovojo respublikos čempionų vardus.
1954 m. gimnaziją baigė Jūratė Daktaraitė – pirmoji lietuvė, tapusi pasaulio krepšinio čempione (1959 m.). Ji iškovojo ir du Europos pirmenybių aukso medalius (1960 ir 1962 m.).
1955 m. vasario 17 d. Pirmoji vidurinė mokykla buvo pavadinta Kristijono Donelaičio vardu.
1957 m. mokymo programa supažindino berniukus su metalo technologijos, statybos, automobilizmo, elektrotechnikos pagrindais, vaikinai įgijo ir kai kuriuos praktinius įgūdžius. Pavyzdžiui, 1958 m. laidos 80 % abiturientų vaikinų kartu su brandos atestatu gavo III klasės vairuotojo arba vairuotojo mėgėjo teises. 1957 m. mokykloje įrengiamos metalo dirbtuvės, aprūpintos tekinimo, gręžimo ir frezavimo staklėmis, metalo karšto apdirbimo cechas bei medžio dirbtuvės. 1957 m. gegužės 14 d. įvyko iškilmingas baseino atidarymas.
Nuo 1961 m. mokykloje įvestas sustiprintas anglų kalbos mokymas, vėliau anglų kalba pradedami dėstyti ir kai kurie dalykai.
Nuo 1963 m. mokyklos turistai ir orientacinio sporto mėgėjai, vadovaudami rusų kalbos ir literatūros mokytojo A. Blažio, ne kartą pirmavo miesto mokyklų turizmo varžybose, dalyvavo respublikinėse turizmo varžybose, suruošė daugybę žygių po gimtąjį kraštą, nemažai praplėtė savo akiratį, keliaudami po broliškas respublikas.
1965 m. Mokinių mokslinės draugijos “Svajonė” atidarymo konferencija. Tai savarankiška draugija, jungianti visus mokykloje esančius dalykinius būrelius. ,,Svajonės’’ tikslas – įvairiomis užklasinio darbo formomis ugdyti mokinių iniciatyvą, savarankiškumą, mokyti mokinius kaupti papildomą mokomąją medžiagą, ją analizuoti, apibendrinti, pratinti dirbti mokslinį darbą, geriau pažinti mokslo laimėjimus ir juos populiarinti.
1967 m. vadovaujant buvusiam mokyklos direktoriui mokytojui J. Banaičiui, įrengiamas anglų kalbos kabinetas, puikiai aprūpintas reikiamomis techninėmis priemonėmis. Šiuo metu mokykloje dirba net 15 anglų kalbos mokytojų. Kabinetui vadovauja pedagogas R. Tamošaitis.
1969 m. rugsėjo 1 d. mokiniams duris atvėrė priestatas. Tik po 35 m. pilnai užbaigta ir išplėsta mokyklos rūmų statyba. 1969 m. vietoj atviro baseino išaugo pirmasis Klaipėdoje uždaras baseinas. 1969 metų rugsėjo pirmąją mokiniai įžengė į naujai pastatytą mokyklos priestatą, valgyklą ir erdvią sporto salę su balkonais. Taip pat buvo įkurti ar patobulinti chemijos, fizikos, geografijos, anglų kalbos, buities darbų, biologijos kabinetai.
1970 m. kovo 9 d. suteiktas sporto klubo vardas mokyklos sporto klubo kolektyvui. Sporto klubas pavadintas ,,Nerija“. Nuo 1970 m. fizikos – elektrotechnikos kabinetui vadovauja mokytojas S. Bernotas, kuris toliau kaupia vaizdines mokymo priemones, tobulina įrengimus. Mokytojų S. Gadeikienės ir G. Kazakevičienės rūpesčiu įrengtas chemijos kabinetas, kuriame kiekvienas mokinys, nepakildamas iš darbo vietos, gali atlikti sudėtingiausius bandymus, laboratorinius darbus, nes stalai aprūpinti vandeniu, elektros energija, dujomis, cheminėmis medžiagomis.
1971 m. mokslo metų pradžioje įsteigiami istorijos ir visuomenės mokslų bei lietuvių kalbos ir literatūros kabinetai. 1971 m. penkiasdešimtais gyvavimo metais, rugsėjo pirmąją seniausia uostamiesčio mokykla sukvietė 2 024 jaunuolius ir 88 pedagogus.
1972 m. pažymint mokyklos penkiasdešimtmetį mokyklos vestibiulyje atidengtas vilniečio skulptoriaus Petro Deltuvos sukurtas K. Donelaičio biustas.
1973 m. mokyklos iniciatyva Klaipėdoje atidengtas paminklas K. Donelaičiui (skulpt. P. Deltuva).
1981 m. direktorius R. Bloškys ir mokytoja S. Alenskienė įkūrė tautinės muzikos ir šokių ansamblį ,,Žemaitukas”.
Nuo 1988 m. gimnazija bendradarbiauja su Klaipėdos universiteto Menų fakultetu: IV-V kursų studentai kasmet atlieka pedagoginę praktiką.
1991 m. spalio 10 d. Kultūros ir švietimo ministerija patvirtino gimnazijos vardo teikimo nuostatus. 1991 m. direktoriaus R. Bloškio iniciatyva ant mokyklos pastato fasado sugrįžo dar prieškario laikais nupjautos metalinės raidės “Ir šviesa, ir tiesa mūs žingsnius telydi”, Gedimino stulpai.
1992 m. vasario 18 d. mokyklos pedagogų taryba nutarė atkurti Vytauto Didžiojo gimnaziją. Reikėjo pasirinkti profilį, parengti gimnazijos nuostatus, individualias dalykų mokymo programas, I – IV klasių ugdymo planus. 1992 m. rugsėjo 1 d. mokslo metus pradėjo I α ir I β klasės. 1992 – 1993 m.m. yra pirmieji Vytauto Didžiojo gimnazijos atkūrimo metai.
Nuo 1994 m. gimnazijoje veikia debatų (anglų kalba) klubas “Pro et Contra” (vadovė D. Vyšniauskienė).
1995 m. Švietimo ir mokslo ministerijos kolegija gegužės 22 dienos nutarimu Nr. 25 „Dėl gimnazijos statuso suteikimo” nuo 1995 m. rugsėjo 1 d. suteikė gimnazijos statusą Kristijono Donelaičio vidurinei mokyklai.
1996 m. balandžio 18 d. Klaipėdos m. valdyba nusprendė Kristijono Donelaičio gimnaziją pavadinti Vytauto Didžiojo vardu.
1997 m. į gimnaziją grįžta direktorius R. Bloškys. Jo iniciatyva turtėja gimnazijos materialinė bazė, įsteigti 9 dalykų metodiniai centrai, ugdymo procese diegiamos informacinės technologijos, gerėja patalpų estetinis vaizdas.
1998 m. gimnazijos direktorius R. Bloškys suranda per karą dingusią istorinę taurę ir sugrąžina – ja vėl apdovanojama klasė, gimnazijos krepšinio čempionė.
1999 m. kovo 10 d., pažymint Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo 9 – ąsias metines, gimnazijoje atidengtas bronzinis Vytauto Didžiojo biustas (skulptorius Vincas Grybas, architektas Gintaras Čičiurka, paminklo postamento autorius skulptorius Klaudijus Pūdymas). 1999 m. lapkričio 12 d., ruošiantis gimnazijų judėjimo Lietuvoje dešimtmečiui, sukurta gimnazijos vėliava (dizaineriai A. Klimas ir V. Bernotas – gimnazijos auklėtiniai), kurioje įkomponuota gimnazijoje dirbusiu dailės mokytojo, žinomo Mažosios Lietuvos visuomenės veikėjo A. Brako 1934 m. sumanyta emblema.
2000 m. kovo 10 d. Iškilmingai pažymėtos Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo 10-mečio ir Vytauto Didžiojo vardo suteikimo pirmajai lietuvių gimnazijai Klaipėdoje 70-mečio sukaktys. 2000 m. gegužės 15 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu Klaipėdos Vytauto Didžiojo gimnazijoje įvestas profilinis mokymas.
2001 m. sukurta nauja parlamento struktūra, pagal kurią parlamentarai turi galimybę dirbti įvairiose veiklos srityse, pirmą kartą sudaryta realinio profilio gamtos mokslų pakraipos klasė.
2002 m. Mergaičių krepšinio komanda laimėjo Lietuvos moksleivių krepšinio lygos “Preventos” varžybų Klaipėdos apskrities taurę ir po atkrintamųjų varžybų pateko į 4 komandos finalinę grupę.
2002 m. kovo 1 d. parlamento iniciatyva įkurta gimnazijos interneto svetainė.
2022 m. Vytauto Didžiojo gimnazijai sukako 100 metų.